Tổ chức chứng nhận hữu cơ là tổ chức đã đăng ký hoạt động chứng nhận theo Nghị định 107/2016/NĐ-CP về điều kiện kinh doanh dịch vụ đánh giá sự phù hợp, hiện tại Việt Nam hiện có một số tổ chức chứng nhận hữu cơ sau:

1. Trung tâm Chứng nhận sản phẩm Nông nghiệp sạch GreenCert (Xem giấy phép hoạt động chứng nhận)

2. Trung tâm Chứng nhận sự phù hợp Quacert

3. Trung tâm Chất lượng Nông Lâm thủy sản vùng 2

4. Trung tâm kiểm nghiệm và chứng nhận chất lượng IQC

5. Tổ chức chứng nhận hữu cơ Control Union

....